对于起火的起因，台防务部门资通电军指挥部进行系统更新工程，烧焊的火星意外引燃易燃物所导致。台媒称，指挥所内因为火灾烟雾缭绕，不少负责监视解放军军机的情报人员被迫撤出。指挥所一度失能30分钟。
值得一提的是，这次事故正值“汉光37号演习”举行前，因此也引发台军部分退将不满。对于衡山指挥所内发生火警一事，一名资深将领称：“这种匪夷所思的事情，竟然真的发生在衡山指挥所内，我也不知道到底台军是发生什么问题？”
不过，对于衡山指挥所着火一事，台军予以否认。台湾防务部门发言人史顺文称，当日厂商是在衡山指挥所“管制区外”的机房，进行例行性的装备检修维护，但是因为施工过程中造成瞬间火花，所谓“失能30分钟”不是事实。他说，这次突发状况没有造成系统中断，战备任务正常运作。
