但是当时清朝面临的不仅是新疆被侵犯，东南沿海也被日寇侵袭，一时间"海防"与"塞防"孰轻孰重，清政府内部发生了激烈辩论。所谓的"新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则腹心之大患愈棘"的理论，被左宗棠嗤之以鼻，左宗棠直言，19世纪的沙俄在东方的侵略扩张行动，从来是没有尽头和界限的。
正因为海疆多事，所以才要一劳永逸地解决新疆的阿古柏政权，以便集中全力经营"海防"。不然，就会"我师退一步，则俄人进一步"，放弃新疆就是自撒藩篱，沙俄必将得寸进尺。随后甘、陕甚至整个北方都会失去保障，京城危矣！慈禧这才回过神来，同意左宗棠出兵收复新疆。
1878年1月2日，清军收复和阗。至此，除伊犁外，新疆全境收复。1881年，清廷又以左宗棠等人的大力备战为后盾，收回了伊犁大部，新疆终于回到了祖国母亲的怀抱。人们给了左宗棠极高的历史评价，然而，那些跟随左宗棠西征的普通士兵，同样值得铭记，他们去了哪儿？
在阿古柏残暴统治下，新疆被全面破坏，满目疮痍，开发建设已不可能在动乱前的基础上推进，只有先医战乱创伤，重建经济，才可能谋求发展。随着战争的全面结束，也便有了"裁勇归农"。成崇德《清代西部开发》记述，被裁兵勇中不少人自愿留居新疆，"就地转业"了。
