雍正元年，岳钟琪跟随抚远大将军年羹尧在平定青海叛乱中继续立下大功，他带领的岳家军和清军威名远扬，当年羹尧被围困的时候，是岳钟琪杀出重围，带着援兵成功以少胜多。雍正二年，岳钟琪带着一万五的军队大败叛军，收复了被叛军占领的青海地区六十万平方华里的领土，雍正帝对此非常满意，封岳钟琪太子太保，三等威信公，授兼甘肃提督，还特意为他题诗一首，随后他又去剿灭了罗卜藏丹津，留守西宁，处理军务，不久后再次带着三万军队平定青海叛军，打得敌军投降。经此一战后，岳钟琪被授兼甘肃巡抚，督办甘肃、青海两地军务政要。
不过岳钟琪也曾尝过败战，他在讨伐准噶尔一战中失利，曾经对他赞不绝口的雍正大发雷霆，呵斥岳钟琪："攻敌不速，用人不当。"此时岳钟琪已经失去了圣心，偏偏他的政敌军机大臣、内阁大学士鄂尔泰乘机奏本弹劾他。雍正不念岳钟琪曾经立下的累累战功，下谕"交部议决"，最终结果是岳钟琪三等公爵和太子太保封衔被削去，降为三等候，不过大将军印还在他手中。
雍正五年，曾经有一个疯子在大街上高声说道:"岳钟琪要率川陕兵丁造反了!"这话要是传到皇帝眼中，那可是杀头大罪，岳钟琪非常谨慎，千万不能让自己被污蔑，他立马上奏向雍正帝解释，好在雍正帝没有太过在意，但这件事是否会在皇帝心底埋下怀疑的种子，那就不得而知了。
岂料政敌对于他的恶意弹劾还没有停止，他被收押入狱，两年后，他被兵部判决"斩决"，不过雍正看到这样的判决后，于心不忍，念及他曾经进西藏、平青海之功，改"斩决"为"斩监侯"，并处罚银七十万两，由此岳钟琪被贬为庶人，回到了曾经的家乡成都，过着简单的生活。不过在他晚年的时候，六十二岁的岳钟琪被乾隆帝召回，复职"四川提督"一职，赐孔雀花翎，此时他已经离开官场十多年了，将要被乾隆帝派去平定大金川的叛乱，好在岳钟琪表现不错，得到了乾隆帝的善待。
岳钟琪的军事能力有多么强，在康熙、雍正、乾隆三朝他都被委以重任，而且总能取得胜仗，岂料只是在平定准噶尔叛乱一战中，他严重失利，被政敌抓住机会要将他弹劾到"斩首"，好在他曾经立下的功劳足够重大，雍正念及旧情，免了他的死罪，又或许是雍正忌惮岳钟琪功高震主，就像曾经的年羹尧一般，年羹尧被赐死后，他接任了川陕总督一职，在军事上的地位就犹如曾经的年羹尧，以雍正帝高深莫测的心思，借题发挥，贬了岳钟琪的官职也有可能。好在岳钟琪能看得开，在被贬的日子里潜心研究佛学，他的功绩是有目共睹的，因此他才会在乾隆年间被复用，得到了应有的待遇。
