在朱元璋晚年，燕王朱棣的羽翼就早已丰满，所以就连朱元璋都担心朱棣会对朱允炆不利，给朱允炆留下了提防朱棣的遗诏。果然，朱允炆即位后立即展开了削藩政策，然而这势必会引起了朱棣的警觉，以及各诸侯王的不满与反弹。
从1399年开始，朱棣就发动了靖难之变，这场帝位之争一直持续到了1402年。6月，燕军攻破了明朝的帝都南京，建文帝朱允炆的左右臂膀皆大开城门向燕王朱棣臣服。朱允炆见大势已去，便在宫中点起熊熊大火，燕王朱棣见状赶紧前去"救驾"，然而被拖出大火的是一具已经被烧得面目全非的炭黑尸体。
不仅大臣们不认，就连燕王朱棣也不愿相认。1402年，明成祖朱棣即位，掩去了朱允炆在位的这段历史，改年号为"永乐"。直到1645年，朱允炆才被正名，改谥号为明惠宗。
