南明不算明朝的历史，它顶多算个流动政权或反清运动

南明不能算明朝，其原因有二：

（1）南明存在的39年，是不断逃往、内斗割据没有统一皇帝的残余力量

除了朱由菘的弘光皇帝，因为在南京有较为完整的"配套班子"外，其他皇帝都没有获得统一认可、四分五裂。朱棣北迁后，仍然将南京作为首都之一，所以属于"双京制"。在南京留下一套完整的、除了内阁外的完整班子儿。因此，在南京称帝的朱由菘有一定的法理基础。

但当时的明朝大臣们连皇帝都不再忠诚，更何况一个"福王"。要知道，嘉靖作为藩王称帝都需要许多程序，朱由菘登基后，其他地方的权臣各自为政，对其号令并不遵从。