这样的荣誉，在隋末唐初的功臣中，已经是独一无二的，除此之外，后来他的名字还被列入了凌烟阁的题名中，虽然排在末尾但是流传千古，虽然他名气很大但是对于他的身世基本上是没有人知道的，或许有人在评书中听说过他的父亲曾是南陈的大将，最后死在隋军手中，所以秦琼有这样的背景，在后来加入反隋就看起来顺理成章，但是真相终究会被解开。
在1995年的时候，修路工人无意发现了一座古墓，在专家来到现场抢救挖掘了之后，在墓室里发现了一块石碑，专家们仔细研究过石碑上的文字才发现，原来上面记载的碑文说的不就是秦琼的父亲，他叫做秦爱，是北齐人。之所以史书中没有涉及太多，是因为他的祖辈地位都非常低下，从他的曾祖父一直到他的父亲，三代都是非常低等的文职官吏。
所以至此才解开了他的身世之迷，并不是评书中杜撰的忠烈之后，也不是一些史料记载的冶铁世家，这块石碑的撰写者并没有署名，但是大约完成于唐朝的贞观年间，所以对于秦琼的事迹也有所描述。在这块石碑的文字上，还涉及到了一些关于玄武门之变的信息，当时他已经满身伤病所以很多人猜测他没有参与，但是石碑上可以看出，他其实是参与了的，但是并没有立下非常大的功劳，再加上他的身世，所以专家们才猜测这些或许就是秦琼在凌烟阁排在最末尾的原因。
