可惜天不遂人愿，朱标早亡，而朱允炆年幼软弱。朱元璋的计划要重新布局了。对于朱标，开国功臣们他可以驾驭，可是朱允炆太过于弱小，这些功高的老臣们会成为他统治帝国的阻碍。于是朱元璋狠下心，将他们都除去，宁可错杀一千，也不放过一个。
蓝玉案谋反的起因《明史》、《明太祖实录》等所述都很简单，第一是蓝玉觉得自己官小"玉不乐居宋、颖两公下，曰：'我不堪太师耶'。"另一条是蓝玉曾向太祖奏过几件事，太祖都没有听，蓝玉认为"上疑我矣"。加上蓝玉是当时的总兵，军事集团的首脑，手握天下之兵权，具有造反的实力。他还是靖候叶升的姻亲，叶升被朱元璋所杀，蓝玉恐怕也有唇亡齿寒之感。所以为了防止蓝玉造反，朱元璋狠心将他杀了。
这就是历史上著名的蓝玉案。这次蓝玉案前前后后长达十年。族诛一公、十三侯、二伯。基本上都是株连九族，阖族灭口。牵连的人数，达一万五千人之多，可谓血流成河，尸横遍野。而正因为蓝玉案，一时间全国军权分散，最得便宜的，就是燕王朱棣。这个也追随朱元璋征战沙场，建功立业的儿子，在这次案件中，吸收了蓝玉的很大一部分兵权，为他日后"靖难之役"做了充分的军事储备。
