1864年，清军打进天京，清末农民起义太平天国运动宣告失败。此时腐朽的清政府终于意识到了事情的严重性，开始大办洋务运动，尝试近代化。就在清朝将注意力放在太平天国运动上的时候，另外的一股力量从中亚进入了中国，并且很快便窃取了新疆地区。
新疆从古时起就位于中国政府的管辖之下，西汉时，这里设有西域都护府，唐朝又称为安西都护府，1759年，平定西北叛乱之后，乾隆亲自将此地命名为新疆，取"新附旧疆"之意，正式将这160多万平方公里的土地称为新疆。
但是清军在新疆的人并不多，大约1.5万人，至1866年左右，西北的许多地区都落在了一个叫阿古柏的人手中，此人出生中亚，原名穆罕默德·雅霍甫。他在英国以及俄国的支持下，建立了一个国家，自称"毕条勒特汗"。当时的清朝在帝国主义列强的虎视眈眈之下，还没有多余的精力来管这件事情，便任由阿古柏窃取新疆10多年。直到1873年，清朝才有了精力来管这件事情。
