王允经此大劫，也知道宦官是不杀自己不罢休。出狱之后也收了自己锋芒毕露的性子，改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间，才保住性命。
不久灵帝驾崩，王允急忙赶赴洛阳吊丧。此时朝廷局势极度混乱，以何进为首的外戚势力大增，阉党张让失去了对中央政权的控制权，面临覆灭的危险。大将军何进利用各地方官吏奔丧的机会，大肆结交和拉拢亲己势力。王允一到洛阳，就被何进紧急召见，并说明意图。王允很感激何进对他的救命之恩，便满口答应，并担任从事从郎一职。后来情况发生急变，张让集结党羽，用何太后召见何进的名义把何进骗入宫中，趁机伏杀。王允不得不迁任河南尹，暂时逃避张让的嚣张气焰。张让伏杀何进后，曾奉密召的董卓、袁术等人立即领兵进京，讨杀张让。张让、段挂等人挟持少帝刘辩和陈留王刘协半夜出逃。当时，朝中公卿大夫被急变的局势吓得不知所措，他们都不敢护卫少帝。王允立即派遣一部分士兵跟随尚书卢植一起保护少帝，事后，又奉迎少帝回宫。
董卓进京后，王允算是还记得张让的教训，一直隐忍不发，认真做事。董卓一看王允还不错，于是给王允升官加爵，拜太仆，再迁守尚书令。司徒杨彪得罪了董卓被废，最后看起来很听话的王允便成为了三公之一的司徒。董卓准备烧了洛阳迁都长安的时候，董卓自己留守洛阳，长安的朝政大事全部取决于王允，王允也借着自己的权势保存了许多汉室典籍。王允一度觉得自己可以恢复汉室，还秘密联络了几位官员，准备以讨伐袁术的名义出兵攻击董卓，但是董卓一怀疑，王允见势不妙马上放弃了。等到董卓回到长安，觉得王允很不错，整个迁都过程以及营造长安的时候表现出色，就封王允为温侯，以示重视。王允表面迎合接受，暗中更是积极组织和筹备反董卓的斗争，更是利用吕布与董卓爱妾私通这一突破点，成功将吕布策反。
公元192年四月正逢天子大病初愈。朝廷百官在未央宫集合，恭祝天子龙体安康。事前，吕布派同郡骑都尉李肃等人带领十多名心腹亲兵，穿上宫廷侍卫的服装，潜伏在宫殿侧门两边。当董卓大摇大摆地出现在车门外时，立即遭到潜伏在门后的李肃等人的突然袭击。董卓急呼吕布，吕布手捧圣旨，大呼："奉旨杀贼！"董卓在绝望中被吕布所杀，并且株连三族。董卓被杀后，王允"录尚书事，总朝政，遣使张种抚慰山东"。
