9月1日，韦昌辉带领3000精兵包围了东王府，将杨秀清以及他的所有家人都杀了。4日，韦昌辉诱杀在天京的东王的部下各级人员以及他们的家属5000人。东王部属起兵反抗，双方展开了血战，历时两个多月，双方一共被杀二、三万人，太平天国中许多中上层干部都死于这场自相残杀的内乱之中。天京城内大屠杀，尸横遍野。
关于傅善祥的结局，几种版本说法不一。有说法身在东王府的傅善祥，被数十士兵轮奸杀害，抛尸秦淮河。还有说法认为貌美的傅善祥逃脱了这场劫难，甚至还组织东王府的残余人马与翼王石达开联合攻打北王府，为杨秀清复仇。还有说法是，被洪宣娇派人营救，后嫁于太平天国慕王谭绍光。谭在苏州被手下加害的消息传到天京后，傅善祥因此忧郁而死。后两种说法可能性不大。
红颜多薄命，一代才女从此香消玉陨，从此人世间空留下一段说不尽的凄惨佳话。傅善祥是太平天国内讧的牺牲品。
