再到后来，朱元璋又使出了很厉害的一招，叫做"拔刺"。也就是要将存在于皇权周围，有可能会对朱家江山社稷造成威胁的"刺"给拔掉。
为了给太子朱标未来继承大统后，能够顺顺当当的安心治理好天下，拔除一批居功自傲的有功之臣以及骄兵悍将这些"刺"带来的隐忧，在朱元璋执政的后期，他不惜大肆杀戮功臣，从胡惟庸集团开始，到李善长，再到宋濂等，一一被清洗。
洪武十三年（1380年），仅"胡惟庸案"，灭其三族，连坐党羽，诛戮一万五千余人，后期还因此大兴"胡惟庸狱"使受牵连人数规模不断扩大；洪武二十三年（1390年）就连开国功臣李善长也因与胡惟庸"交通谋反"的罪名被赐死，其家族七十余人受牵连被处死。接着，一代名儒宋濂也因受子孙连累的罪责，全家被发配四川，后来宋濂病死途中。总之，仅抓住"胡惟庸案"这一链条，受到清洗的王公贵族就多达十几家，共计三万余人。
▲胡惟庸案受牵连的一干人等
