康熙二十年十一月初六，施琅抵达厦门。来到厦门的施琅发现福建水师的自身条件离他的要求还差的很远，于是他立刻着手打造一支精锐的福建水师。1683年6月16日，施琅率清军舰队向澎湖郑军发动第一次进攻，初战失利，施琅自己也在这次作战中被火铳射伤了右眼。此后施琅吸取了失败的教训，对下一步作战行动进行了周密筹划和部署。6月22日，清军向台湾发起总攻。施琅果然不负众望，经过9个小时后的猛烈进攻，成功打败刘国轩所率领的郑氏海军，成功收复了台湾。
之后，施琅一面加紧军事行动，一面对占据台湾的郑氏集团进行招抚工作。期间，施琅严令下属禁止滥杀无辜，违者严惩。由于施琅治军严明，等到施琅率军到达台湾时，刘国轩等带领文武官员军前往迎接。当康熙帝接到施琅收复台湾的奏章时激动万分，还将自己身上的龙袍脱下派人赐给施琅。
施琅在收复台湾后，特奏请康熙帝趁机将日本岛攻下，以绝后患。施琅为什么会有如此想法呢？原来从明朝时期，倭寇就曾在沿海地区活动猖獗，虽然眼下不成气候，但却保不准成为日后一大隐患。施琅在奏章中说道："倭贼盘踞海外为祸，自前明起已有百余年，如今锐气正盛，可效元祖之事，提中国之兵伐之，将永绝倭患，安定东南。"
但是对于施琅这一提议，康熙皇帝并没有答应。这其中原因比较复杂，但总的来说有两个主要原因。
首先，就是日本对清朝的威胁并不大。当时的日本处于江户幕府时代，日本国内因为长期闭关锁国，无论是经济、军事还是综合国力都没办法和清朝相比。清朝大臣们都一致认为，这样一个小国，即使再发展也成不了气候，不足为惧；其次就是北方尚未安定下来。沙俄、噶尔丹蠢蠢欲动，因此康熙皇帝必须集中精力对付来自北方的威胁，攻打日本自然不会成为康熙皇帝当时的选择。康熙皇帝或许想不到，200年后，这个他眼中的小国会给中国带来多大的灾难。
