而八旗的最高长官是各旗的旗主。在清朝初期，这些旗主的权力非常大，地位仅次于皇帝。事实上，当时的皇帝本人也是旗主，只是最大的旗主而已。满清早期的军国大事都需要皇帝和八旗旗主共同商议，共同裁决。皇帝本人并没有乾纲独断的特权。
另外旗主的身份肯定是由亲王、贝勒等等世袭的。旗主的一个权力，就是旗主这个身份。无论是朝廷中的什么官员，见到旗主，都是毕恭毕敬的。即使不是自己的旗的旗主，也是要毕恭毕敬的，否则后患无穷。
最后，这个历史事实在古装剧《铁齿铜牙纪晓岚》中，有着非常生动的展现，和珅率军到了兰州，结果得罪了一位叫做金大爷的人。尽管此时和珅身奉圣旨，手握大军，但是金大爷依然毫不在乎，说："就是我当街要饭，和珅他见了我也得给我跪下磕头"，原因就在于金大爷是正红旗旗主，而和珅是正红旗的普通旗人。
