淝水之战以后，各士族门第都嫉妒谢家。谢安与谢玄都淡泊名利，不恋栈权位，于是急流勇退。自此以后，东晋朝廷里掌权的是贪财好货、卖官鬻爵的皇室贵族司马道子与司马元显父子，政治上严重腐败。经过十几年，百姓忍无可忍，终于爆发叛乱。
东晋隆安三年（公元399年），在会稽有孙恩起义。沿海八个郡都响应，杀官吏，抢劫掳掠，一个月间达几十万人。孙恩的伯父曾经以妖术蛊惑迷信的乡民，属于天师道，到处都有信徒。朝廷命令北府兵名将刘牢之进剿叛匪。孙恩长于海上航行，以数百艘船在沿海各地出没，从徐州、扬州、江州一直到广州，范围辽阔。每次孙恩被官军击败就逃入海中，非常难以对付。
孙恩之乱经过三年才平定，其中最大的功劳属于北府兵的军官刘裕。刘裕是彭城人（今江苏铜山县），家境贫寒，以卖草鞋为生；他识字不多而嗜好赌博。孙恩乱起的时候，刘裕还只是北府兵的一个低级军官，但是擅长使刀，武艺超群，胆识谋略过人。他常常身先士卒，冲锋陷阵，每次与孙恩遭遇，即使是以少击众，以一当百，也从未失败，可以说天生就是孙恩的克星。
