清朝对西藏的控制，最严还是乾隆年间，经过顺治、康熙、雍正，清朝对西藏的控制逐渐加强。1721年，康熙设置噶伦，噶伦由五人担任不同职位，他们共同管理西藏事务。雍正帝时期，设置了驻藏大臣，管理西藏。到乾隆年间，废除藏王，建立噶厦（发号施令的机关），噶伦四人（三俗一僧）控制噶厦。由于权力不断分散，西藏的权力逐渐落到驻藏大臣这里。
驻藏大臣和噶伦由清朝直接任命，因此，西藏主要的职务分为，一级：驻藏大臣和达赖喇叭，二级：噶伦，三级：噶厦。其中在控制达赖喇叭上，乾隆设立了金瓶掣签，通过这个确立达赖喇叭的灵童转世，并由清朝册封认定。这就大大加强对达赖喇叭的控制，加上《藏内善后章程》的规定，驻藏大臣拥有管理宗教事务、外事、军事、行政、司法权力等，可见驻藏大臣的权力之大，在古代中，管理西藏上，没有哪个朝代达到清朝的程度。
蒙古是如何成为清朝版图的？
清朝蒙古分为内蒙古和外蒙古，实行盟旗制。在清朝没入关前，已把漠南蒙古，也就是内蒙古纳入到版图内。其中，内蒙古和唐努乌梁海等地，由朝廷任命官员治理。而在平定漠北蒙古中，康熙的三征噶尔丹，击败噶尔丹，让喀尔喀蒙古地区落入到清朝内。
