唐武德二年，王世充进攻李淵，任命秦琼为龙骧大将军，程咬金为将军，厚待二人。然而程咬金和秦琼厌恶王世充为人狡诈，程咬金对秦琼说:''王公才识风度浅薄狭隘，却爱乱说，喜欢赌咒发誓，这不过是老巫婆，哪里是拨乱反正的君主!''等到王世充在九曲与唐军交战，秦叔宝、程咬金都带兵在阵上，骑着马向西跑了一百来步，然后下马向王世充行礼，说道:''我等身受您的特别优待，总想报恩效力，但您性情猜忌，爱信谗言，不是我等托身之处，如今不能再侍奉您，请求从此分别。''于是跳上马与他们的几十名部下共同降唐，王世充害怕唐军，不敢追击。
武德七年，太子李建成忌惮程咬金，因而向李渊进谗言，于是李渊派遣程咬金出任康州刺史。程咬金告知李世民说:''大王被剪除左膀右臂，必定不能保全自己。我有死而已，希望您能快些自保!''
武德九年，李世民发动玄武门之变，程咬金亦参与其中。玄武门之变后，程咬金官拜太子右卫率，随后又迁升为右武卫大将军，享受实封七百户。
