当时朱由校给袁崇焕回复的奏折中，出现了六个问题："但向后作何给授使军民不相妨?作何分拨使农战不偏废?作何演练使农隙皆兵?作何更番使营伍皆农?作何疆理足以限戎马?作何收保不致资盗粮?"这六个问题都是朱由校必须面对的。袁崇焕的想法是好的，但是实施起来就不一样了。后金多次进犯辽西走廊，破坏屯田，抢夺粮食，袁崇焕的这个想法极有可能是为后金进行了囤粮。以后的事实证明，朱由校的看法没有一点错误。
其次，当时朝廷内部魏忠贤和叶向高的冲突逐渐白热化。面对东林党，魏忠贤的能力不足以应对。如何处理魏忠贤与叶向高的关系，朱由校必须要拿捏好，否则明朝就会出现大问题。面对魏忠贤的势力不断扩大，叶向高向朱由校举报魏忠贤，结果朱由校回复叶向高："举朝轰然，殊非国体，卿与廷臣不同，宜急调剂，释诸臣之疑。"这句话的意思很简单，叶向高的职责是调解大臣与司礼监的矛盾，不是要弹劾魏忠贤。这时候的魏忠贤平安无事，这就让党争之间得到了平衡。
朱由校作为一位皇帝，也许称不上文治武功。如果把他看作一个普通人，他身上其实也有许多闪光点，比如他在木工和建筑都颇有研究，他造出来的东西都精妙绝伦，若是放在现在，也许也可被叫做一代大师。即使作为一位皇帝看待，他重用魏忠贤，尽管人们多议论其昏庸，但不得不说，魏忠贤确实与东林党形成了制衡，有利于制约东林党的势力;他还提拔重用登莱抚臣袁可立等将领来抵御后金的侵略。尽管朱由校自己比较优柔寡断，东林党也一直对朝政指手画脚，但在对外战争方面还算比较强硬。由此看来，朱由校虽然以"木匠皇帝"闻名，但也并非就是昏朽荒唐的人。
