这场起义爆发的迅速，一定程度上对北宋的统治造成了威胁。但是他爆发的快，消失的也快。
经历过初时的不设防之后，宋军有效组织军队反击。方腊起义受到严重创伤。期间宋徽宗曾经下诏招安方腊，遭到方腊的拒绝，于是宋军对起义军毫不留情。
在宋军的连连进攻下，方腊率领的起义军连连受挫。到了最后，方腊自己都被宋军逼迫的龟缩在帮源洞。
帮源洞因为洞口十分隐蔽，官兵一时束手无策。还是当时仅为裨将的韩世忠探查到洞口，率骁勇杀进洞中。
宣和三年四月二十七日，在躲藏了三日后，方腊和妻子、宰相方肥等人被忠州防御使辛兴宗所俘虏，藏匿在洞中的七万起义军被杀，方七佛等人逃走。方腊被押解进京，同年八月被斩首，方腊起义这才落下帷幕。
