同时司马睿很明智，知道东晋想要在南方站稳，也必须依靠南方士族。但东晋不能学东吴去把北方流亡士族边缘化。如果没有北方士族的支持，东晋就会失去正统性。在五胡乱华、衣冠南渡的当口，占据了中原的胡人已经开始论证胡人得天下的合理性了。东晋要想当正统，就必须有北方士族的承认。南方在当年还是蛮荒之地，你总不能指望南方士族吧。于是东晋选择促成双方和解。重臣王导带头学吴语，给足了南方士族面子。东晋又在南方士族势力不大的地区设立侨州、侨郡、侨县来安置北方士族，也照顾了北方士族的利益。
《世说新语》 有云"元帝始过江,谓顾骠骑曰: 寄人国土,心常怀惭.荣跪对曰：臣闻王者以天下为家,是以耿、毫无定处,九鼎迁洛邑.愿陛下勿以迁都为念。" 这里的顾骠骑顾荣来自于江东大族顾家。这番对话形象说明了双方的关系。北方士族承认南方士族是南方的主人，南方士族则拥护东晋的正统地位。就这样，东晋的地位得以巩固。
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