朱厚熜和杨廷和的矛盾渐渐地就演变成新旧两派政党的斗争，不过事实证明，朱厚熜在心机上面，可比杨廷和等人深多了，他更清楚如何拉拢人心，这场斗争持续了三年，最终是朱厚熜获得碾压性胜利。
在两人三年的斗争中，旧派官员有86位四品以上的官员被革职，134名五品以下官员被捕入狱，在狱中被打死的就有16个人。
杨廷和只好主动告老还乡，当时嘉靖已经18岁。经过3年的磨炼，他已从乳臭未干的毛孩子变成了猜忌刻毒的政治家，不但懂得报复，也懂得权术。于是变本加厉，提拔一批忠实于自己的官员。
朱厚熜从一个毫无实权的王爷，一夜变为天子，在毫无根基的情况下，智斗四朝元老、两朝首辅的杨廷和。此后更是开创了"嘉靖中兴"，为后面的隆庆新政、张居正改革、嘉隆万大改革奠定了基础。
很多人可能对朱厚熜的"修仙皇帝"心有介怀，他的确近20年不上朝，但朱厚熜从未耽误过政事，无关紧要，不是吗？他也是明朝最勤政的皇帝之一，不是吗？
