不走运的是，他的幻想破灭了，朱元璋是一个从来把事情做绝的人，回过味，知道自己被人耍了以后，开始了他的报复之旅。他命令大理寺即刻逮捕朱亮祖与长子朱暹。
于是，洪武十三年九月初三，当朱亮祖与其子押到京城后，朱元璋气的上来就用鞭子抽了朱亮祖。侍卫们也纷纷开始动手。朱亮祖与他的儿子朱暹就这样被活活鞭死。把人当场鞭死，这画面想想就很恐怖，何况还是这样的开国侯爷，眼都不眨一下。就这样，这位明朝的开国功臣以这种惨烈的方式告别了自己的一生。
杀掉朱亮祖和朱暹后，朱元璋下令将参与此事的恶霸全部杀死。他念及朱亮祖有功，给他留了全尸，但其他人就没有这么好运气了，朱暹等人的皮都被剥了下来，悬挂在闹市，供众人参观，以为后世警戒。洪武二十三年(1390),年朱亮祖又被追论为胡惟庸逆党，爵位废除，次子又被杀。而清官道同死后，番禺县民甚是哀悼、惋惜，有的人刻木做成牌位在家中祭祀，问卜事情总是应验。
朱元璋对这件事情的处理让很多官员胆战心惊。而朱亮祖也在无意中创造了一个记录：他是第一个被当廷打死的大臣。此后，朱元璋对待贪官污吏的态度越来越严厉，还规定普通百姓只要发现贪官污吏，就可以把他们绑起来，送京治罪，而且路上各检查站必须放行，如果有人敢于阻挡，不但要处死，还要株连九族!要说，朱元璋对待那些不听话的臣子真是狠啊！
