在清朝入关之际，俄罗斯乘机侵入了黑龙江流域，这时候俄罗斯还未发现库页岛。之后，康熙对俄罗斯发动了两次雅克萨之战，和俄罗斯签订了条约，以外兴安岭为界划分了两国东部的疆界线。和俄罗斯交手后，康熙受到了国际法的影响，于是决定绘制一幅清朝的全图，这一次绘图有许多西方的传教士参与，并使用了当时最先进的仪器。1709年，绘制的团队到达了库页岛，并且在这里树立了石碑和木碑。可以说，康熙时期，中国对库页岛的主权就形成了。
康熙皇舆全览图（东北方框中是库页岛）
雍正时期，清朝继续控制着库页岛。当时规定"居住海岛之库页费雅喀人贡貂，则由三姓副都统衙门派出官兵，前往约定之奇集噶珊收集贡貂并颁赏乌林。如不前来约定之地，则令官兵寻入海岛，唤起前来，征收貂皮并颁赏乌林。"1732年，三姓副都统衙门实现了对库页岛的户口统计。
