神功元年(697年)，狄仁杰再次拜相，担任鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，加授银青光禄大夫。不久，狄仁杰又代理纳言之职，兼任右肃政台御史大夫。圣历元年(698年)，突厥南下骚扰河北，劫掠百姓万余人，武则天任命狄仁杰为河北道行军元帅，征讨突厥，并许以便宜行事之权。
久视元年(700年)，狄仁杰进拜内史，随武则天巡幸三阳宫。当时，文武百官多随驾前往，唯有狄仁杰获赐宅第一所，恩宠冠绝当朝。同年九月，狄仁杰病逝，终年七十一岁，武则天废朝三日，追赠他为文昌右相，赐谥号文惠。神龙元年(705年)，唐中宗复辟，追赠狄仁杰为司空。景龙四年(710年)，唐睿宗继位，追封狄仁杰为梁国公。
