当时，燕军兵临南京城下，朱允炆求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。朱允炆眼看大势已去，便下令焚宫，顿时火光熊熊，朱允炆携皇后马氏，跳入火中自焚而死。
燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查朱允炆下落，宫内侍人都说朱允炆已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体。燕王见到尸体，早已分不清男女，惨不忍睹。燕王继位称帝后，以天子"礼葬建文皇帝"。
当时，就有传言那具尸体并不是建文帝，而是一名太监的，也有人说那具烧焦的尸体是马皇后的，真正的建文帝早已削发为僧逃出宫中，并说朱元璋临死前觉得他这个孙子不成器，就给他留了一身僧衣，一张度牒，度牒就是和尚合法身份证明，还有一张皇宫地道图，可以直通城外，建文帝借此逃得性命。
那具尸体到底是不是建文帝已无法分辨，燕王朱棣为什么还把他当作建文帝的尸体？他相信吗？当然不信，把他当作建文帝的尸体是政治需要，因为只有建文帝死了，他才能名正言顺的登上皇位做皇帝；建文帝活着，他反而有所顾忌，废之杀之，都要留下恶名。
