不过后来明英宗因为在叛乱之中出兵失败而被俘虏，他也就因此而失去了明主的赏识，官途也开始变得坎坷起来。并且他性格过于刚正，所以他在朝堂上有着众多的宦官奸臣对他不满想要去除他。但是都没有找到合适的机会，直到明英宗被敌军给完好的放出来之后，英宗见原来自己的忠臣已经尽心尽力的辅佐了新皇帝，所以对于于谦开始厌恶起来。后来英宗凭借自己的手段成为皇帝的时候，当时的大将军石亨借机诬陷于谦反对英宗称帝。本来就对于谦没有好感的英宗受到奸臣的蛊惑，下令将于谦给处死。
当百姓们知道之件事情之后都不相信于谦要谋反，都纷纷上书请求皇帝撤回命令，但是事情的结果没有改变，最终众多的百姓在他行刑的那天忍痛前去送这位清官。说来也巧，他死的那天本来晴日无云，在斩首的时候却变得乌云万里狂风大起，在场的百姓纷纷认为这是上天觉得这是一场冤案而带来的警示。当然这也没能阻止于谦的被害，只是后来天生异象这件事传入英宗耳朵里时，他得知了真相，抱头后悔：我一时糊涂，可错怪了忠臣啊。
