集中指挥权，建设基层政权
塔利班组织结构松散，各组成部分的关系呈网络状，主要基于很多由舒拉会议（伊斯兰政治学概念，即民主协商会议）联系起来的半自治宗教势力而形成，这样的组织结构不利于实施对组织能力要求严格的军事行动。如受雇于驻阿英军的阿富汗当地翻译，在监听塔利班无线电通讯时就发现，该组织的各个指挥官会逃避战斗并推脱责任给其他指挥官。塔利班领导层对指挥权分散的问题也有清醒认识，加之战争形势的不断变化，塔利班在一定程度上加强了指挥权的集中。
具体而言，塔利班建立省级军事委员会，负责大规模军事行动的筹划，后勤保障，处理前线指挥官之间的分歧等工作，该委员会任命下级区域指挥官，确保前线指挥官能够服从上级指挥机关的指挥。有学者研究称，这一做法有违于塔利班的原始文化，很可能来源自苏联侵阿战争时期的抵抗组织或外来武装人员。
阿富汗政府军装备了不少西方国家提供的轮式装甲车，但有不少被塔利班武装缴获。
塔利班内部人士称，当塔利班前线指挥官之间出现一些小问题时，委员会能在短时间内加以解决。当前线指挥官之间的问题大到区域指挥官都无法解决时，则由塔利班上层派出的专门人员进行调解。尽管新的指挥体系集中了指挥权，但也存在一些问题。例如，有塔利班基层指挥官称，他们受到塔利班组织和所属宗教势力的双重领导，当他们计划进攻某地时，需要得到塔利班上级指挥官的同意，而有时他们也会接到所属宗教势力的命令。另外，还需注意的是，尽管塔利班集中指挥权的举措加强了各派势力与武装团体的合作，但并不是国家形态的指挥和控制体系。目前，尚未有塔利班指挥体系的最新情况公开，但不可否认的是，指挥权集中确实提高了塔利班武装的战斗力和协同作战能力。
