1428年，昔班家族王子阿布尔海尔被推为汗王。1468年，阿布尔海尔与吉尔吉斯和哈萨克联军决战时被杀，阿布尔海尔的儿子也在与东察合台汗国被杀。年仅17岁的昔班尼开始了他的冒险生涯。
昔班尼一度逃到了阿斯特拉罕，后来重回钦察草原，力图重整祖父的霸业。昔班尼最初两手空空来到塔什干开始为察合台汗国汗王马合木效劳并发展自己的势力，马合木很高兴，把突厥斯坦城作为采邑赐给了昔班尼。1500年，昔班尼汗兵临撒马尔罕，杀死了帖木儿帝国末代统治者阿里，建立了自己的政权月即别汗国，并兼并了希瓦城、花剌子模（乌尔根奇，又名玉龙杰赤）、巴里黑（阿富汗巴尔赫）、赫拉特等地。此时昔班尼环顾四周，只有扶持过他的东察合台汗国还是他的劲敌，卧榻之侧岂容他人鼾睡？昔班尼也染上了蒙古人恩将仇报的流行病，忘记了马合木曾经对他的恩情，起大兵进攻东察合台汗国。马合木万万没有想到这个自己万分器重的年轻人会将屠刀挥向自己，察合台军队大败，乌兹别克曾经一统中亚。凭借自己的军事才能，乌兹别克族得以东山再起。可是昔班尼恩将仇报的行为不久后就遇到了惩罚。1510年12月，昔班尼与伊朗萨菲王朝建立者伊斯梅尔一世因领土与宗教纠纷发生战争，昔班尼战败被杀，尸体被剁成几块分到伊朗各地展览，头颅被砍下来做成酒杯。
昔班尼死后，国家濒临崩溃，1512年，他的侄子乌拜杜拉汗在吉日杜万战役中打败了伊朗萨菲王朝和帖木儿帝国巴布尔的残余势力，乌兹别克巩固了河中地区的统治。巴布尔恢复帖木儿帝国的梦想被破裂，巴布尔远走印度，建立莫卧儿帝国。新航路开辟之后，海洋贸易使得丝绸之路风光不在，昔班尼王朝开始褪色。1561年，伊斯坎德尔迁都至布哈拉，国家遂被称为布哈拉汗国。1599年昔班家族绝嗣，汗位转至札尼家族，即为希瓦汗国。1710年，沙鲁赫在浩罕城建立浩罕汗国。最初向清朝称臣，后为了入侵新疆喀什噶尔地区，支持和卓后裔叛乱活动。1865年，汗国阿克迈吉特要塞（白色清真寺）司令默罕默德雅霍普（阿古柏）入侵南疆并自己称汗。1876年左宗棠进军新疆，击败了这个企图分裂中国的反动政权。
浩罕汗国于1871年和1873年爆发了两次农民起义，古德亚汗向奥斯曼土耳其求援未果，只能宣布退位。起义者拥护纳西尔丁汗继位，俄罗斯借口退位的古德亚汗需要武力保护为由军事介入浩罕汗国，于1876年2月19日攻下浩罕城，浩罕汗国灭亡。
