其实当时嘉靖的生母居住的宫殿叫做仁寿宫，但是住进去不久就失火，后来重新拨款修建，扩大了规模，才重新改名叫做慈宁宫，这才是慈宁宫的由来。慈宁宫从创建到最后的宣统皇帝那一代有无数为皇太后。其中最出名的有两位，分别是万历皇帝的生母李太后，另一位就是我们熟知的孝庄皇后了。大家可能没听说过李太后，这位太后可谓是一生传奇，是麻雀变凤凰的典型案例，因为她是宫女出身，被万历皇帝的父亲临幸之后生下了万历皇帝。这是明朝时期最著名的太后。
到了大清朝最著名的住在慈宁宫的太后就变成了孝庄，因为孝庄一生辅佐过三代帝王，头二位都没有陪孝庄多久，只有她的孙子康熙是陪在她身边最长时间的人，而康熙从几岁开始就由孝庄太后抚养教导，所以祖孙二人的感情非常深。所以其实孝庄在临时之际，康熙皇帝做过两件前无古人后无来者的事，那就是请来和尚为孝庄做法式，用自己的十年寿命换到奶奶身上去，这在当时真的是一个十分出格的做法。另一件大事就是孝庄最终去世的时候，康熙皇帝无法接受这个事实，把孝庄的棺材就放在慈宁宫里，慈宁宫在，奶奶就在，所以可以见得祖孙二人的感情深厚到了一定的地步，否则无法做到这点。
后来大臣们开始抗议，因为毕竟这样的做法违反了礼法，所以康熙无奈将孝庄的棺材葬在了昭西陵。然而这座宫殿毕竟是曾经自己的奶奶居住过的宫殿，后来就成了孝庄个人的灵堂一样的地方，接受后世子孙和文武大臣的祭拜，所以慈宁宫并不是真的闹鬼，而是由于皇帝的原因，这里再无人居住了。
