毛文龙人在关外，他的恶名却很早就传到了内地，连京城的兵部都知道有个毛总兵骄横不法。于是兵部就派遣了两个正直的主事一级的官员，亲自赶赴皮岛调查情况。毛文龙也知道自己不干净，知道调查自己的官员来了，先拿钱去送，人家油盐不进，后来又派士兵拿着刀枪''保护''，其实就是在威胁调查的官员了。
让毛文龙没有料到，这两个官员比较正直，简直就是大明官场的清流。他们在毛文龙的地盘上没有丝毫的畏惧，而是做了一番认真细致的调查。回到京城后，他们立即给兵部写材料，实事求是地把调查结果报告了上去。在二位官员的调查材料中，客观地指出，毛文龙在皮岛确实牵制了金国力量，可谓是''镇压有功''，但是也确实存在大量冒领粮饷的嫌疑。
他们走访调查发现，毛文龙在皮岛的总兵力充其量就三万兵力，却年年对朝廷说谎，说自己招兵买马了20多万兵马。朝廷在内地年年天灾无力赈济的情况下，还要省吃俭用每年拨给其大量的钱粮，但是绝大多数都进入了毛文龙一人的私囊。据不完全统计，光是吃空额一项，毛文龙就搞了至少六千万两白银。
这这还不够满足他的胃口，毛文龙还动不动的就去抢劫朝鲜的商船，还调动军队威胁朝鲜的国王。这就已经影响大明的外交关系了。他这每年依靠抢劫来的钱款，就有好几百万两。
如果这些罪证落实，对于毛文龙来说，绝对都是死罪。随随便便拿出一桩，都够他喝一壶。尤其是崇祯帝登基之后，毛文龙预感危险越来越近了。原来，毛文龙派驻在京城的密探向他汇报，说新皇帝刚刚登基，就下令节源开流，这必然会在全国大查账目。到时候自己吃不了兜着走。一起坐以待毙，不如冒险大干一票，说不定还能有个更好的前程。于是，毛文龙动起了歪心思，他把眼光落到了敌人那里，决定与金国合作。
