他虽不甘心但也不得不从，清朝多尔衮觉得他是一表人才，想要让他留下来为己用，但是左懋第哪是那样的人啊，肯定果断的拒绝了，这就是他落得凄惨下场的一个原因，多尔衮肯定不能留一个人才回去帮助敌人来打自己，所以就下令把他杀了。
多尔衮又派人试图劝说他们投降。然而，左懋第此时直接喊出8个字：宁做南鬼，不做北王。听到左懋第的话后，他立即愤怒的让刽子手把他砍了。然而，刽子手被左懋第的正直所感动，放下刀后并没有砍他，他竟然跪下磕头左懋第。这是刽子手杀的都是危害国家和邪恶的人和奸臣。但是从来没有遇见过忠臣，给左懋第磕完头后才将其斩首。
