秦琼在贞观年间不被重用，没有新功，慢慢的也就被别人超过去了，自然在凌烟阁中排不上好名次。还有一种可能是秦琼有病无法参与贞观年间的战事，史书上也有相关记载，是引用秦琼自己的说的话："吾少长戎马间，历二百余战，数重创，出血且数斛，安得不病乎"。所以，秦琼有没有参与"玄武门之变"都不重要，夹在李渊和李世民中间的他其实很尴尬，贞观时又没有军功，被甩在最后也就正常了。
唐朝贞观十七年，唐太宗李世民为纪念帮助他称帝以及帮助他创造"贞观盛世"的功臣们，仿效汉明帝刘庄在云台阁纪念云台二十八将的方式，在皇宫中建立了一座凌烟阁，选择出了贞观名臣24位，并请绘画大师阎立本描绘出了这24位功臣的画像置于凌烟阁中，表示对这24位功臣的尊敬和看重，李世民本人也经常到凌烟阁追忆和怀念。
凌烟阁
在凌烟阁功臣榜的武将序列中，民间知名度最高的应该是秦琼、程咬金和李绩（徐茂公）三人，拜《隋唐演义》的广泛传播所赐，这三人可谓是无人不知、无人不晓。并且三人在归唐后，在唐高祖李渊执政时期就已经早早的封公拜将，全是手握兵权的高级实权将领，在实际的官职和爵位上，远远超过凌烟阁功臣榜上的绝大多数人。
