当时朱厚熜还在为自己的亲生父亲服丧，得此消息也十分讶异，后跟着使团抵达了北京，按照杨廷和的安排，要礼部用太子的礼仪迎接朱厚熜，即从东华门进入，居于文华殿，可朱厚熜并不接受这样的安排，双方都很坚持，最终朱厚熜从大明门进入，在奉天殿即皇帝位，接着于次年改年号为"嘉靖"。
朱厚熜即位后不久，矛盾再次发生，持续了三年时间，这场矛盾在历史上被称为"大礼仪之争"，最终还由朱厚熜获得了胜利，以亲生父亲朱祐杬为皇考，追尊朱祐杬为兴献帝后又加封为献皇帝，亲生母亲为兴国皇太后，而改称明孝宗敬皇帝（朱厚照的亲生父亲）为"皇伯考"。
另外朱厚熜还将亲生父亲朱祐杬的牌位弄进了太庙，据《礼记·王制》和《礼器》记载，太庙的正殿中只能供奉七个皇帝，明朝时期制度有些改变，太庙正殿一般供奉九位皇帝，而朱厚熜将朱祐杬的牌位供奉于太庙前，太庙正殿的九个皇帝名额已经满了。
