当时，太平军兵起金田，迅速北上，制造咸同兵燹，给皖南地区带来了灭顶之灾，紧接着，又是袭击桑梓。
咸丰十年二月四日，程秉钊听闻绩溪已遭太平军攻陷，不由在日记中，写道："疑骇至极"。翌日，他又听闻，太平军从宁国奇袭绩溪，攻当地人之不备，想到自己族中有人在办团练，且"素有富名，恐怕难以幸免"，又思及八旬祖母，至今全无音讯未知凶吉，"思之心胆俱寒也"。
此后，谣言四起，人心动荡，因杭州势单力薄，军备不足，恐怕难以抵挡。程秉钊每日提心吊胆，颇为恐惧，却又无可奈何，只能每日与友人借酒消愁。到了二月十五日，局势似乎稍有缓和，读书人又马上固态萌发，以诗会友，遍览名山。但是，太平军的威胁，却并没有消失。
此时的太平军只是在短暂的蛰伏后，酝酿着更大的阴谋。两日之后，忠王李秀成便率军攻陷武林、钱塘等门，数日之后，守军尽数溃散。至此，杭州城市第一次陷落。程秉钊在他的日记中，便记录了这样一番景象："城未闭时，城中百姓便已仓皇逃走，出凤山、候潮两门者，不计其数......"
