到了崇祯朝，后金几次入关，明朝除支付关宁锦防线的军饷外，还必须加强整个长城沿线的防御，增加的军饷费用估计不少，除此之外，单是剿灭关内农民起义军的费用就是一个庞大的数字，以至于崇祯不顾自然灾害的频繁发生，好几次加税，在内、外双重的威胁下，崇祯不可能为了魏忠贤去得罪掌握着东南财赋重地事宜的东林党集团。
天启朝时，税收加上魏忠贤额外搞到的钱粮，勉强能支撑对外防御，到了崇祯朝，魏忠贤也无法支撑起这个费用，这需要朝廷中的各个派系都倾力配合才能达到。而且，东林党里面聪明人是很多的，在崇祯需要他们稳定财税的数目，甚至要增加的情况下，完全可以成为他们要求惩处魏忠贤的筹码，因此，即便崇祯登基初期能允许魏忠贤存在，后期也会在迫切的需求下放弃他，就算不杀，也只能闲置。
第三：天启和崇祯两位皇帝的性格不同，魏忠贤即使活着，作用也没有在天启朝时明显
天启和崇祯是两位不同性格不同类型的皇帝，天启显然比较会做皇帝，除非特别大的事，比如说涉及到关键位置高级官员的去留和处罚，基本上其余的大事小事都委托给了魏忠贤，在国家没有大乱子的情况下，天启还能舒舒服服地去做自己喜欢做的事。而崇祯算是喜欢事必躬亲的皇帝，虽然和当时明朝的严峻形势有关，可个人的秉性也起到重要作用。
