宋孝宗继位后，开始一系列改革，他认为秦桧长期在相位，形成的盘根错节的势力，因此他下令缩短宰相的任期，防止结成朋党威胁皇权。
宋孝宗遵循外戚不干政，防止出现外戚专权的问题。宋孝宗加强谏官的监察职能，把权力抓在手中，切断了宰相与谏官之间勾结的关系。
宋孝宗是一很勤奋的学生，他自己评价自己"蚤夜孜孜不敢怠惶，每日灵时已无一则自事，思曰：岂有未至者乎？则求三两事反复思虑，唯恐有失。"虽然是一个勤政的皇帝，凡事亲历亲为，但却是一个对百官不信任皇帝。
宋孝宗在位时最大功绩就是为岳飞冤案平反，顺应了民意。1162年，宋孝宗刚登基就曾打着赵构的旗号下诏："追复岳飞原官，以礼改葬，访求其后，特与录用。"不久又下诏追赐岳飞："少保、武胜定国军节度使、武昌郡开国公、食邑六千一百户、食实封二千六百户"
