为了从制度上保障满洲亲贵对兵权的绝对掌握，载沣于1909年7月15日，连下三道上谕，分别下令筹办海军处，并将陆军部中的军咨处分离出来，分割了原本归陆军部所有的一些重要权力，成为直接对皇帝负责的专职军事顾问与指挥调度机构独立机关："凡关于规划筹防用兵及重要事件，均由军谘处慎密酌拟，呈请陆军部堂官复核，会同军机大臣具奏请旨遵行。"新独立的军谘处在建制和职能上仿照日本参谋本部，目的是要成为"赞佐摄政王统率陆海军的总参谋部规模。"这个新机构被载沣交给皇族毓朗以及其弟载涛管理。为了进一步将军权揽于己手，与陆军部相对抗，载沣又于1911年改组"皇族内阁"之时，正式将军咨处改为凌驾于陆军部之上的军咨府。
对于海军这个曾经在甲午战后一度被清廷忽视的军种，载沣也坚定不移地试图将其完全纳入自己的彀中。1909年2月，载沣下诏，令肃亲王善耆、度支部尚书载泽、海军提督萨镇冰等负责妥慎筹划海军事宜。5个月后，载沣以宪政编查馆奏定宪法大纲内有关条款，发布上谕，宣布皇帝为大清国陆海军大元帅，未亲政前由监国摄政王代理；并命六弟载洵、提督萨镇冰出任筹划海军大臣。10月，载洵、萨镇冰两人受命出访欧洲，乘坐客轮穿越苏伊士运河，首先游历意大利、奥匈帝国，参观军港船厂，分别订购了两艘400吨级驱逐舰"鲸波"与"龙湍"号，旋即前往德国，这个晚清军工技术采购引进最为频繁的欧洲工业后期强国。两人先后考察采访基尔军港，伏尔铿造船厂，以及毛瑟兵工厂等地，并一次性订购了三艘驱逐舰与两艘内河炮舰。
载沣的另一个心腹大患，就是北洋六镇。虽然袁世凯已经贬官回乡，但北洋六镇精兵仍然为其遥制。在1906年11月丙午官制改革启动后，慈禧与陆军部长铁良就迫使袁世凯主动奏请将第一、三、五、六镇"均拟归陆军部直接管辖，无庸由臣督练"并在袁世凯就任军机后，解除其剩余两镇的指挥权。1910年12月，陆军部长荫昌在载沣的授意下，宣布解除了直隶总督对北洋第二、四镇的指挥权，并将东北袁氏嫡系徐世昌麾下的北洋第五镇调至山东，并将掌握近畿北洋第一镇兵权的段祺瑞外放为江北提督。
