例如他对对洪秀全族弟干王洪仁玕的不满。天京变乱后，洪仁玕被提拔为首席辅政大臣，他提到："洪仁玕到天京还未满半月，就被封为军师，赐号为干王"，而在李秀成眼中，他才属于卫国功臣的级别，洪仁玕并无资格，相反还会牵制诸王。
当时淮军了解这一内在矛盾后，澎湃人劝李秀成造反，但被他拒绝。洪秀全也因此对他百般提防猜忌，不断差人去前线监视，李秀成的家人也被扣留天京。这件事情也从侧面反映出，太平天国内部已经逐渐分崩离析，失败已是必然。
但在曾国藩看来，他需要供词的目的只有一个，就是借他人之口宣扬自身的功劳，因此无关紧要的可以保留，而那些对自己不利的反应则必须删去，毕竟历史只能由胜利者来书写。
