藤原仲麻吕更狠，他召集人马公开举兵造反，还准备在新都建立新政权。打败藤原的正是被孝谦招回国的吉备真备，激战之中藤原的儿子自杀，他自己觉得大势已去，想乘船逃跑被逮个正着。还留在中宫院的淳仁天皇虽然没有参与造反，依旧被废掉了。皇位空缺，没有合适的继承人，孝谦只有再度继位。这回她改了尊号：称德，47岁的称德就成为日本第48代天皇。
尽管藤原伤她很深，在平定叛乱之中她甚至长时间卧床不起，生了很重的病，但是她还是没有杀掉藤原仲麻吕。她也没有放过他，给了他一个很特别的惩罚：让他去造佛塔。因为佛教是禁止杀生的，称德虔诚信佛，她认为平叛的战争不得已破了杀戒，为了吊唁战争亡灵，她下旨建造百万塔。为了惩罚昔日的情郎，她要藤原仲麻吕制作"百万塔陀罗尼"，这就意味着藤原要造一百万座塔，想想这个数量就知道是个苦差。也许有朋友会觉得奇怪，一人能够建一百万座塔吗？想想日本这个弹丸之地，古代生产力又不发达，不是天方夜谭吗？
且容我慢慢道来，百万塔的确是一百万座，数量没错。关键这个塔不是大家想象的那种大型建筑，而是用扁柏制造的21厘米高的三层塔，换着话来说，藤原要做100万个木雕佛塔，这佛塔里面还要收纳陀罗尼经文，建好之后要放在10座寺庙中。后来，这10座寺庙有9座被烧毁，还剩下一座法隆寺。法隆寺里面至今保存着超过45000座三重塔，每座塔里都存放着一份经文。陀罗尼经其实是佛教密宗咒语《无垢净光大陀罗尼经》，手抄一百万份肯定是不可能的，被放进100万座木雕佛塔里面的经文都是印刷品。后来其中一座带经木塔流入中国，中国的学者还以此研究从中国流传到日本的雕版印刷术。
称德天皇真是个妙人，惩罚情郎的同时，还给日本留下这么一笔宝贵的物质遗产。
