建文四年（1402年）六月，燕王朱棣的大军渡过长江直逼金陵（今南京），曹国公李景隆与谷王等开金川门投降，京师遂破。与此同时，南京皇宫中燃起熊熊大火，上千名来不及逃走的宫女、太监等葬身火海。大火被扑灭后，在灰烬中发现了几具烧焦的尸体残骸，据幸存的太监说道这是建文帝及其皇后和长子朱文奎的尸体，面对着无法辨认的尸体，朱棣选择了"相信"这一切。他下令为建文帝发丧，并在一个月后于南京继位称帝，改年号为永乐，是为永乐皇帝。
朱棣即位后，对之前忠于建文帝的旧臣开始了大肆杀戮，如齐泰、黄子澄被凌迟处死，诛灭九族，妻女入教坊司为妓女，方孝孺车裂于街市，诛灭十族，兵部尚书铁铉、礼部右侍郎黄观、监察御史高翔等皆被虐杀并诛族。对于建文帝的子女家人，朱棣当然也不会放过。建文帝的皇后马氏在靖难之役中死于宫中大火，他的长子朱文奎在靖难之役中与父亲一起失踪，有说死于宫中大火。次子朱文圭当时只有两岁，靖难之役后被囚禁在凤阳称"建庶人"，直到明英宗时期，被囚禁五十多年的朱文圭才被放出，因为长期被关在暗无天日的皇陵之中，朱文圭被放出后连牛马都分不清楚，并且在被放出后不久就病死了。
建文帝的兄弟姐妹一共有十人（懿文太子朱标所育共六子四女）。这十个人中除了建文帝之外，长兄虞怀王朱雄英等三人早夭，剩余的兄弟姐妹们在朱棣即位后分别被囚禁或坐罪死。这其中吴悼王朱允熥（建文帝的弟弟）以不能匡正建文帝和心怀怨怼为由被废为庶人，囚禁凤阳，暴卒。鲁悼王朱允熞（建文帝的弟弟）以不能匡正建文帝和心怀怨怼为由被废为庶人，囚禁凤阳，暴卒。瓯宁哀简王朱允（建文帝的弟弟）在靖难之役后朱棣允其奉懿文太子祀并住在陵园内，永乐四年，因住所失火被烧死，谥号哀简。
再说建文帝的姐妹们，除了早夭的一个外，宜伦郡主和南平郡主生前都没有受封的记录，宜伦郡主在永乐十五年时下嫁，南平郡主的封号是在她死后被追封的。这其中记载最为详细的是江都公主，她在洪武二十七年嫁给长兴侯耿炳文之子前军都督佥事耿璿，建文元年时被封为公主，永乐初年耿璿因连坐得罪而死，公主被降为郡主，不久后就郁郁而终。
