除了议和之外，南迁也是当时考虑最多的一个计划，这比议和看起来更体面，还能继续与清军对峙。但为何这个计划也被搁浅了呢？因为如果南迁， 势必会牵扯到很多人的利益问题，北方大臣的势力范围，财产土地多数都在北方，如果南迁这些财产肯定都保不住了，而且迁到南方，以明朝末年严重的党争问题来看，北方大臣很有可能会遭到南方官员的排斥。而且东林党也会反对南迁，因为南迁的话南方的利益范围会重新分配，包括土地、财产等，这无疑会破坏东林党人士在当地的利益，所以对于南方的人士来看，最好的选择也是北方打仗，这样就不会波及南方了。所以南迁的计划一直遭到群臣的反对。
不过当时还有人提议让太子南迁，崇祯皇帝留在北方继续抵抗，金陵（南京）一直是明朝的留都，即便皇帝不在，那里也留有一套完整的行政系统，太子迁过去也比较容易适应。但这就遭到崇祯的反对了，他害怕在时局动荡之时，万一群臣拥立太子在金陵称帝，那自己就的存在就可有可无了，必将生死未卜，明朝早期土木堡之变也不是没有先例。所以这个提议一开始就被崇祯否决了。
南迁的计划因多方势力反对而最终被搁置，还有一个原因就是崇祯和大臣们可能轻敌了，他们没有想到李自成这些农民军攻势如此之快，也没有想到明军已经溃败到如此地步。在李自成占领河北后，崇祯就是想南迁也已经很困难了，因为南迁的路已经被李自成给封住了。
如果南迁，会出现什么情况？
