明朝从来就没有实际控制过新疆地区。并且清朝建立后的一百多年，都没有将新疆纳入领土范围。明朝灭亡时，新疆大部分地区由叶尔羌汗国控制。叶尔羌汗国是1514年建立，是由察合台汗国演变而来。后新疆北部的准噶尔汗国势力逐渐壮大，1680年噶尔丹率兵灭亡叶尔羌汗国，因此新疆地区全部被被准噶尔汗国控制。
噶尔丹执政时，在吞并了新疆境内的杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部后，进占青海的和硕特部，又攻占了南疆维吾尔族聚居的诸城。随着准噶尔势力范围的不断扩大，噶尔丹分裂割据的野心愈益膨胀。此时，正是沙皇俄国疯狂向外扩张的时期，为达到侵略中国西北边疆的罪恶目的，对噶尔丹进行拉拢利诱。康熙二十六年（1687年）底，沙俄参加中俄边界谈判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，阴谋策动噶尔丹叛乱，支持他进攻喀尔喀蒙古。在沙皇俄国的唆使下，噶尔丹终于率兵进攻喀尔喀蒙古，发动了一场旨在分裂祖国的叛乱。
