在这段时间里，他曾外出前往水患地区带领百姓修堤坝治水患，帮助当地百姓开垦土地，这些行为都被人们看在眼里记在心里。
曾经在他的管辖区域内有一伙强盗入室抢劫，顺带轮奸女主人。地方官为了让自己的政绩好看，便把此案往熟人作案方向引，牵连一大批无辜者，为了强行结案各种威逼利诱，造成当地人心惶惶。孙嘉淦知道之后连忙亲自查案，及时发现真相，才避免更多人在折磨之下被屈打成招。
后来乾隆继位，他同之前一样，又上了另一封奏折《三习一弊疏》，这里面同样也是对新皇帝的劝告。希望他不要浮于表面、更不要骄奢淫逸、不能因为谗言放弃追求……种种条条框框数不胜数，一言以蔽之，就是忠心耿耿。
在辛辛苦苦干了几十年之后，他选择回家颐养天年，但是就是这样一位在民间饱受赞誉的好官，在告老还乡的时候，却拿不出足够的安家费和有面子的积蓄。
