不过沉迷于自己爱好的朱由校在政治上就没有他做手艺那么精致了，因为他经常自己亲自动手去做工艺品，皇宫内的建筑施工他也要亲自指导，所以很多政治上的事情他都不可能亲力亲为地去管了。加上明朝一直有让太监帮忙处理政事的习惯，他就将自己的政事全部丢给了一个太监--大名鼎鼎的九千岁魏忠贤。
大臣们对魏忠贤态度相当不好，杨涟评价他说：
"忠贤本市井无赖，中年净身，夤入内地，初犹谬为小忠、小信以幸恩，继乃敢为大奸、大恶以乱政。"
魏忠贤出身很贫贱，文化也很低，靠着与朱由校的关系，他坐上了司礼监太监的职位，开始替朱由校处理政务。魏忠贤对朱由校是很忠心的，也一直想多为他的主子多做点儿事情，不过因为他的文化和水平的原因，他的很多事情并不是做得特别好。
所以朱由校在任用魏忠贤的同时，也大量提拔一批能干的官员，比如杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙，孙承宗、袁可立、袁崇焕，这样朝廷上就形成了魏忠贤与官员相互对峙的局面，虽然朱由校不怎么管朝政，但是明朝的基本结构还是稳定的。
虽然外敌内患不断，在朱由校在位期间，大明朝还可以艰难运行。甚至于在澳门受到荷兰人的非法侵占的时候，朱由校还强硬地向他们还击，并且取得了胜利，让荷兰人短时间之内不敢再来触犯中国，没有让鸦片战争那样的西方列强入侵中国的事情提前发生。
然而1627年，才二十几岁的朱由校因跌落水中治疗无效而去世，明朝最后一个皇帝崇祯皇帝上台，从此大明朝的天下陷入了更加的动乱当中，直到灭亡。
