据说，李莲英在每年都有一个习惯，这个习惯便是去东陵祭拜慈禧陵寝。李莲英虽然是一个宦官，但对于皇室，特别是对慈禧太后有着相当深厚的感情。毕竟慈禧太后是李莲英的伯乐，如果在当年没有慈禧太后相中自己，没有太后一点一点提携自己，他李莲英也不会在后来成为清末的大太监，也不会成为晚清时被人们所熟知的人物。
也就是在宣统元年和三年内，李莲英照例去东陵去祭拜慈禧，可是在半路居然遭遇了流寇悍匪，在这样的情况下，李莲英被这些人杀死，并砍掉了他的首级，而他的首级便被李莲英的一个随从拼死带回了李家。
皇族的谋杀
光绪皇帝去世前不过三十多岁，更为蹊跷的是死在了慈禧太后的前一天，所以有人便猜测光绪的死和慈禧脱不了干系。曾担任慈禧的御前女官的裕德龄在其英文版自述《瀛台泣血记》中提到，下手者应系李莲英，但是这并不符合李莲英的一贯作风，而且也并没有其他史料辅证。倘若光绪的死李莲英真的脱不了干系的话，在慈禧已经撒手人寰李莲英再无靠山时，那帝党、皇族便将杀害光绪的账，算到了李莲英头上也是说的通的。
而且，李莲英的死为他杀，如果是流寇、革命党人所为，李家人可以有着相当正统的理由去报官。虽然当时清政府已经日渐衰败，宣统三年又是辛亥革命爆发年，但李莲英的死是在辛亥革命前期的北京，尽管当时清政府对其他地区鞭长莫及，但对于身处在北京一带还是有着一定的控制力；再加上李莲英又是当年伺候老佛爷的人，清政府不可不能不去重视，李家人也没有必要去隐藏什么。而能够让李家后代在当时缄口不言的势力，只剩下了把控京城的满清皇族，特别是当时的摄政王，光绪皇帝的弟弟载沣。
众说纷纭，李莲英的死到现在也是扑朔迷离，始终没有定论。
