在民间，关于李莲英之死有多种说法。有传说，他死于革命党之手。因为李莲英正好死在辛亥革命时期。此外，有传言说李莲英被宫中的仇敌所害，也有人说他被杀死在去山东讨债的路上。
在李莲英的豪华坟墓中，只有一颗头颅和一根长辫子，遗体部分消失得无影无踪。如果李莲英是正常死亡，那为什么在他的墓中只有一个头颅呢?难道在官方历史的背后还埋藏着李莲英死于非命的秘密?
有人提出，李莲英去世时是辛亥革命前夕，他可能是被类似光复会的革命团体暗杀。但是按照惯例，退休太监的死亡应该向宫里报备，如果李莲英真的是革命党所杀，那么他的家人为何要向宫廷隐瞒呢?这难道不是李莲英一生至死效忠朝廷的最好证据吗?另外革命党暗杀满清遗老遗少往往会登报公示，他们的目的就是要在民间引起轰动，但是为什么从来没有听到过暗杀清廷的大总管李莲英的新闻呢?
有人怀疑是因为李莲英知晓太多宫闱秘事，慈禧去世后无人庇护他，会不会是宫里主事的隆裕太后要杀他灭口呢?可是李莲英当年退休前，曾经向隆裕太后进贡了大量金银珠宝，隆裕太后为之感动准其还乡，而且工资照发，如果要灭口，3年前出宫时就该办理，又何必等到3年后呢?最大的疑点即使李莲英真的是死于非命，为什么他的家人将其下葬时没有给他配个身体呢?配不起金身银身，最不济也会烧个陶的，这是基本的古代墓葬礼仪啊。
有人认为江朝宗和小德张所杀。此说法，主要是颜仪民先生的观点。他甚至在文章中，引用了江朝宗儿子提供的"细节"，说时任九门提督的江朝宗请李莲英吃饭，然后派人杀其于北京后海。
