冀州是这次动荡的重灾区，数十万农民因战乱丧生，农业生产也受到了很大的损失。皇甫嵩到任后，立马上奏请求减免冀州百姓一年的租税，皇帝批准了。当地百姓大多参与了黄巾叛乱，本以为会受到惩罚，没想到，皇甫嵩如此宽宏大量，因此，他也得到了当地百姓的拥戴。同样，他不仅爱护民众，也十分体恤下属，甚至，当时的老百姓有歌曰："天下大乱兮市为墟，母不保子兮妻失夫，赖得皇甫兮复安居。"
虽然，在皇甫嵩等人的努力之下，平定了之前的起义，但是，汉灵帝君臣却并没有因此吸取教训。起义刚平息，汉灵帝也恢复了以前的昏庸，在朝廷的各种政治上的弊端也没有丝毫改变，这样腐朽的王朝让官吏、民众感到更加失望，也因此，在各地又爆发了叛乱，自然，皇甫嵩又被派去平乱。
而就在陈仓战役中，皇甫嵩因为与董卓的意见相悖而使得董卓开始嫉恨皇甫嵩。他的侄子皇甫郦曾说道："本朝失政，天下倒悬，能安危定倾者，唯大人与董卓耳。"在那之后，面对侄子皇甫郦建议诛杀董卓时他不予肯定，反而是上书状告董卓，董卓因此更加怨恨皇甫嵩。之前，皇甫嵩在冀州讨伐张角的时候，因得罪权宦赵忠、张让，所以，其官职被罢免，封地削减至两千户。
但是，皇甫嵩平定黄巾起义后，有很大的威望，很多人把天下未来的希望寄托在了他身上。在这时，官吏阎忠就劝告皇甫嵩，让他推翻汉朝重新开创一个新的政权。可是，由于皇甫嵩从小接受儒家思想的教育，一心只为效忠君王，从来没有想过这些事，所以，便拒绝了阎忠的提议。
