正是因为太受欢迎了，许多国家也都盯上了这几口井，1511年，葡萄牙人征战马六甲，在常年的抵抗当中，葡萄牙人终于在1526年占领了马六甲，然而当他们听说了三宝井的传说，就想尝一尝。
当地人发现葡萄压人也爱上了三宝井水，于是他们就往井水里面投毒，200多名葡萄牙人因此而死，1606年，荷兰人来到马六甲跟葡萄牙人打起来了，他们也同样往这口井投毒，结果又死了不少葡萄牙人。
1641年，荷兰人占领马六甲之后，意识到这口井的重要性，就在四周建立起了围墙，安置了大炮和守卫，直到英国殖民之后，这口井才逐渐淡出视野，后来马来西亚为了纪念郑和，就给这口井加上的井盖，杂草一除又清理了出来，不过七口井只留存下来两个。
