郭尔喀看见清军来头势大，不由得害怕议和。退还了所夺得城市。但是乾隆五十六年，经过两年后，郭尔喀再次以西藏人贸易作假的理由，再次入侵西藏并占领了聂拉木。
清军再一次进发西藏，十月份，郭尔喀主力部队三千人和和海兰察所率领清军六千人进行决战，郭尔喀以惨败告终，但是此时的清军由于连续高原作战，水土不服，同时后备粮草无法及时供应，于是双方决定议和。
郭尔喀国王向清朝称臣，并且五年朝贡一次。至此，西藏边陲又恢复了和平。但是西藏地形地势复杂，实际上郭尔喀人有一支数百人的骑兵在战争结束后始终没有返回，他们看错了地图而滞留在中国边境。
