之后，朱元璋将宁王朱权封藩至大宁城，使得朵颜三卫归入其麾下。然而，朵颜三卫与明成祖朱棣可谓是颇有渊源。相传，朱棣在发动靖难之役前，兵力捉襟见肘。为了以藩王之师抵抗全国兵力，朱棣便打起了宁王朱权的主意。
根据《明史》记载，宁王朱权当时"带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵皆骁勇善战"。为了得到三卫精良的骑兵部队，朱棣以寒暄为由进入大宁城，软禁了朱权，并占据了其管理的朵颜三卫。
从当时的情况来看，朱棣军队的总兵力完全不能与中央军抗衡。可是，因为有了朵颜三卫这些强悍的骑兵军队，他还是夺取了朱允炆的江山，并最终坐上了皇位。这样看来，朵颜三卫对朱棣成就帝业有过很大的助力。
再者，当时整个蒙古在明军的打击下，分裂为瓦剌、朵颜和鞑靼三卫。而在这三卫中，鞑靼与明廷敌对，瓦剌稍次之，只有朵颜三卫与明廷最亲善。
