而刘巴却北上投靠曹操。刘巴承诺帮曹操收服荆州南部的长沙、零陵、桂阳三郡。赤壁之战后曹操战败，刘备彻底占据了荆州，刘巴没有完成这个承诺。但他仍不肯为刘备效力，跑到益州去了，弄得刘备是又气又恨。后来刘璋为了抗击张鲁请刘备入川帮忙，刘巴坚决反对，曾多次劝告刘璋提防刘备反客为主，无奈刘璋不听。刘备占据了益州以后，对待刘巴倒是非常大度，对刘巴是以礼相待，并严令三军不得欺侮他，刘巴感念刘备诚意选择归附。刘备大喜，提拔刘巴为左将军。
当初刘备与刘璋开战时，与众将士有约定："如果大事能成，刘璋府库里的东西任你们拿去，我是不会干预的。"等到攻下成都时，将士们都扔下武器前去府库拿取宝物，致使军用不足，刘备非常担心。刘巴向刘备建议道："此事很容易就能解决，只需铸造铸值百钱的铜板通行，统一物价，并实行公卖制度就可以了。"刘备听从了刘巴的建议，果然数月之间，府库得以充实。刘巴又与诸葛亮、法正、李严、伊籍共同制定制定《蜀科》，奠定了蜀汉政权的法制基础。由此可见刘巴确实有真才实学，诸葛亮这么称赞他：运筹策於帷幄之中，吾不如子初远矣！只是可惜刘备称帝后一年刘巴就去世了，否则蜀汉会发展得更好。
那么刘巴为什么这么不待见刘备呢？
专业人士认为有这两点原因：一，刘备虽是皇室后裔，但出身贫寒，并无根基和影响力；二，曹操打败袁绍以后占据中原，最有希望一统江山，天子也在曹操那边，属于正统。对此，你是怎么看的呢？
